Vier Organe stützen die Organisation des Instituts für Bildungswissenschaften (IBW): der Institutsrat, die Institutsdirektion, die Institutsleitung und die Institutsversammlung.

Weitere wichtige Gremien des Instituts sind die Unterrichtskommission, der Promotionsausschuss und das Leitungsgremium des Doktoratsprogramms Erziehungswissenschaft und Fachdidaktik (DEF).